شینجی برای دیدار سختی با پدرش آماده می‌شود، در حالی که میساتو، کاجی و ریتسوکو با گذشته و رابطه‌های قدیمی‌شان کلنجار می‌روند. هم‌زمان کنجکاوی کاجی درباره پشت‌پرده نِرو و مؤسسه ماردوک بیشتر می‌شود.