بعد از نبردی عجیب، شینجی درون واحد ۰۱ گیر می‌افتد و نرو برای برگرداندنش دست به کاری پرریسک می‌زند. همزمان، رازهای ترسناک‌تری درباره ماهیت اِواها و نقشه‌های پشت پرده کم‌کم سر باز می‌کنند.