پس از نفوذ یک نجار سالخورده به کونوها و سرقت نقشه‌های حساس دهکده، وضعیت امنیتی سطح S اعلام می‌شود. ناروتو و اعضای جوان کونوها زیر نظر شیکامارو مأمور می‌شوند رد نقشه‌ها را پیدا کنند و احتمال وجود تله‌ها را بررسی کنند.