در پی ناپدید شدن اهالی دهکده صنعتگران و شایعه ساخت یک سلاح نهایی، گروهی مرموز با نام چهار آسمانی گارا را هدف قرار می‌دهد. هم‌زمان ناروتو و چند گنین برگ برای کمک به شن وارد مأموریتی حساس می‌شوند.